Все виды ржи характеризуются одинаковым числом хромосом (2n = 14). Хромосомы ржи длинные — 75,9—90,7 мкм. По строению они мало отличаются друг от друга; у соматических хромосом можно различить пару со спутниками.
Экспериментально получена тетраплоидная рожь 2 n = 28. В Институте генетики и цитологии Академии наук БССР проводятся исследования по созданию и изучению трисомиков озимой ржи — 4х × 2х→3х.
Генетика ржи изучена еще недостаточно, почти не исследована генетика хозяйственно-ценных признаков. Это объясняется трудностями проведения генетического анализа этой культуры вследствие облигатного перекрестного ветроопыления и генетической системы самонесовместимости.
Исследованиями шведского генетика Лундквиста установлено, что у ржи имеются два генетических локуса (S и Z) с сериями множественных аллелей, контролирующих реакцию самонесовместимости. Присутствие идентичных аллелей обоих локусов в пыльце и пестике подавляет прорастание пыльцы, а единичные пыльцевые трубки не достигают яйцеклетки. Однако в отдельных случаях (1—7%) при самоопылении происходит завязывание семян, что объясняют псевдо — и автофертильностью. Установлена возможность выделения автофертильных форм практически из любой популяции ржи. И. М. Суриков выдвинул гипотезу генетического контроля самонесовместимости, допускающую зависимость самостерильности от целого ряда взаимодействующих гаметофитных локусов. На основе этих предположений рассчитано, что самонесовместимость ржи контролируется не менее чем 16 гаметофитными генами.
Широкие исследования по генетике ржи проводятся на кафедре генетики и селекции Ленинградского университета имени А. А. Жданова. Здесь создана генетическая коллекция диплоидной ржи, в которой имеется большое количество автофертильных линий, что дает возможность получать формы, гомозиготные по доминантным генам, и проводить генетический анализ по потомствам отдельных растений. В их исследованиях установлено доминирование признака автофертильности в первом поколении гибридов, а также проведен генетический анализ наследования ряда морфологических признаков ржи.
Высота растений. Наследование высоты растений изучает В. Д. Кобылянский в ВИР. Все формы короткостебельной ржи он делит на три генетически обособленных типа.
1. Доминантный тип короткостебельности обнаружен у местной ржи из Болгарии (К-10028) и естественного мутанта ЕМ-1, выделенного В. Д. Кобылянским в 1967 г. среди потомств от инцухта гибридных растений Вятка × Кунгсрег II. Генетические исследования доминантного признака короткостебельности показали, что он обусловлен одним геном-супрессором в гомо — или гетерозиготном состоянии по доминантному аллелю Ht. Введение доминантного аллеля Нt в генотип сортов ржи способствует укорачиванию длины соломины на 25%, но не изменяет соотношение их высот, т. е. сохраняет взаимодействие основных генов, контролирующих признак высоты соломины. Гомозиготное состояние гена по рецессивному аллелю hl hl приводит к исчезновению низкорослости и способствует формированию высокорослых растений.
2. Рецессивный плейотропный тип короткостебельности обнаружен у образца ржи Московская карликовая и в популяции Вятка московская. Эта короткостебельность обусловлена гомозиготностью по рецессивному аллелю гена ct (соmpactum). Его плейотропное действие проявляется в укорочении почти всех органов растения, имеющих линейную форму (стебля, листьев, остей, зерновок, пыльников, колосковых чешуй и др.). В F1 появление низкостебельных растений не отмечено, в F2 обнаружено соотношение 3:1 (3 части высокостебельных растений нормального типа и 1 часть карликовых).
3. Рецессивный монотропный тип короткостебельности обнаружен у ряда короткостебельных сортов зарубежной селекции Петкуссер Курстрог (ФРГ), Данае (ГДР), Стальрег, Кунгсрег II (Швеция), Доминант (Нидерланды). Гибриды от скрещивания этих сортов с высокорослыми сортами (Лисицына, Вятка 2 и др.) по высоте занимали промежуточное положение. Реципрокные скрещивания показали, что более короткостебельные гибриды получаются при использовании в качестве материнской формы короткостебельного сорта. Данный тип короткостебельности контролируется основными генами, определяющими высоту растений.