В настоящее время отбор из местных сортов — популяций (кряжей) уступил место отбору из гибридных популяций. Господствующий тип скрещиваний — внутривидовые, главным образом скрещивания сортов льна-долгунца. Все районированные в последнее десятилетие сорта льна гибридного происхождения. В селекции льна применяют как простые парные, так и сложные ступенчатые скрещивания. В результате отбора из гибридных популяций, полученных от простых скрещиваний, выведены Л-1120, ВНИИЛ И, К-6 и др., от сложных скрещиваний — сорта Томский 9 и Томский 10. Применяются скрещивания различных эколого-географических форм.

Межвидовые скрещивания у льна не получили сколько-нибудь значительного распространения. Установлена возможность получения гибридов L. usitatissimum с 30-хромосомнымп видами: L. angusti — folium, L. africanum L., L. palliscence L., L. floccosum L. и др. Скрещивания с видами, имеющими иное число хромосом (L. grandiflorum Pest., L. alpinum L. и др.), не удаются.

Индуцированный мутагенез. Этот метод в отечественной селекции льна пока не получил широкого распространения, хотя доказана возможность получения цепных мутантных форм. Можно применять как ионизирующие излучения, так и химические мутагены. Семена льна высокоустойчивы к ионизирующим излучениям, возможно, вследствие высокого содержания масла. Критическая доза облучения для них раина 100—200 кР. Хорошие результаты получены при использовании нитрозометилмочевины и нитрозоэтилмочевины. При обработке диметилсульфатом выход мутантов меньше. Разные сорта значительно различаются по мутабельности. Так, Светоч оказался гораздо более мутабельным, чем Томский 10. В Московском отделении ВИР при помощи гамма-лучей и химических мутагенов получены мутанты, устойчивые к полеганию, фузариозному увяданию, дающие высокий урожай волокна и семян.

У льна довольно легко возникают тетраплоиды. Высокий выход тетраплоидов получен при обработке проростков пли точек роста 0,02—0,2%-ньгм водным раствором колхицина в течение 6—48 час. Тетраплоиды отличаются более мощным ростам. По данным ВНИИЛ, они меньше поражались ржавчиной. Однако тетраплоиды уступают диплоидам по длине технической части стебля, выходу и качеству волокна, семенной продуктивности, содержанию масла в семенах. Они позднеспелы. Отбором удалось отчасти исправить эти недостатки.