Посевы конопли повреждаются гусеницами кукурузного мотылька (Pyrausta nubilalis Hb.), конопляной листовертки (Grapholitha delineana), блохи (Psylliodes attenuata Koch) и других вредителей. К наиболее распространенным заболеваниям относятся ветвистая заразиха (Огоbanche ramosa L.), серая пятнистость стеблей (Dendrophoma marconii Cav.), белая (Sclerotinia libertiana Fuck.) и серая (Botrytis cinelea Pens.) гнили, септориоз (Septoria cannabis Sacc.).

Кукурузный мотылек напосит наибольший вред посевам конопли. Однако среди мирового разнообразия форм ее не обнаружено иммунных, а также слабо повреждаемых этим вредителем. Относительно устойчивы образцы из Венгрии (К-117, 118, 137, 138), Румынии (К-469, 170, 366), Испании (К-57, 163) и Италии (К-280, 282).

Конопляная листовертка — новый очень опасный вредитель конопли. Распространен в коноплесеющих районах УССР. Потери урожая достигают значительных размеров: выход волокна снижается на 30—45%, урожай семян — на 60%. Наиболее устойчивы к листовертке сорта Южная чуйская, Южная большеписаревская, а также образцы из Турции (К-52, 54), ФРГ (К-409, 440), Югославии (К-6, 7, 8) и др.

Белая гниль стебля конопли встречается на низинных конопляниках с высокой влажностью почвы и воздуха. Наиболее устойчива к поражению белой гнилью итальянская конопля.

Заразиха причиняет серьезный ущерб в ряде коноплесеющих районов. При сильном заражении урожай соломы снижается иногда до 40—60%, семян до 70—80%. Заразиха поражает корни конопли в период видимого разделения ее на два пола. Разные сорта поражаются ею в разной степени: сорта сибирской и центрально-черноземной подгруппы — сильно, сорта южноукраинской: подгруппы — слабо. Итальянская конопля совершенно не поражается заразихой. Использование ее в гибридизации позволило создать высокоустойчивые к заразихе сорта — Южная краснодарская, Краснодарская 35, Южная архонская, Южная павлоградская.